У 2015 році Микола Мартиненко добровільно склав депутатський мандат, щоб через суд довести свою невинуватість. Також він звертав увагу на упередженість українського слідства та відкидав звинувачення.

2020 року суд першої інстанції Швейцарії визнав Миколу Мартиненка та Павла Скаленка винними, вважаючи, що обвинувачення по суті було встановленим. На це рішення була подана апеляція. 

Апеляційна палата Федерального кримінального суду дійшла висновку, що юридично не доведено ні відсутність юридичного розгляду панамською офшорною компанією здійснених комісійних платежів, ні зловживання Мартиненка на процедури закупівель, ні шкоди, завданої українській державі чи чеській ŠKODA JS. Відповідно, не визнала кримінального походження коштів, переказаних через швейцарські банківські відносини.

Як йдеться у релізі суду, до такого висновку Апеляційна палата дійшла після збору додаткових доказів, зокрема після допиту ключових осіб, які мають відношення до предикатного складу (колишніх функціонерів оператора української атомної електростанції НАЕК "ЕНЕРГОАТОМ" та підпорядкованого департаменту "АТОМКОМПЛЕКТ", а також працівника ТОВ "ŠKODA", який підписав контракт). Також суд встановив, що відсутні докази будь-якої відповідної шкоди, завданої НАЕК "ЕНЕРГОАТОМ" чи ТОВ "ŠKODA JS". Як наслідок, факти відмивання грошей в Україні та Чехії не були юридично доведені, тож суд ухвалив виправдувальний вирок для обох обвинувачених.

“Сторони мають право оскаржити рішення Апеляційної палати, яке ще не є остаточним, подати апеляцію у кримінальних справах до Федерального верховного суду після отримання повного письмового викладу причин. Презумпція невинуватості, як і раніше, поширюється на обвинуваченого”, — йдеться в пресрелізі суду.